Nuclear and mitochondrial data reveal different evolutionary processes in the Lake Tanganyika cichlid genus Tropheus
Egger B, Koblmuller S, Sturmbauer C, Sefc KM
BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY
7: art. no. 137 AUG 14 2007

i link do pdf: http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2148 -7-137.pdf

Marta

Witam,
W "bazie" od 15.09.2007 ;))) (czy ktos tam w ogole zaglada)???!!!
Pzdr.
Fazi64

Tak zaglądam, ale tam ciężko szukać!

Marta

Nie wiem co byście na to powiedzieli ale zarówno ja jak i pewnie wielu początkujących w Tanganice chętnie poczytali by w jednym miejscu o kolejnych krokach potrzebnych do rozpoczęcia przygody z rybkami z tego jeziora. Dobrze by było gdyby były tam informacje potrzebne do założenia akwarium, różne rozwiązania techniczne jak i wybór gatunków na początek i dla bardziej zaawansowanych. Opisy ryb oraz doświadczenia z hodowli. Niestety nie mam wiedzy potrzebnej aby wypełnić takie opracowanie ale mógłbym się pokusić o uporządkowanie luźnych notatek, wypowiedzi na forum oraz złożenie tego w całość z rozdziałami indeksami itp. Myślę że pożytek z tego byłby dla wszystkich - mniej problemów z hodowlą, mniej pytań w stylu - ryby mi padają i nie wiem co robić, a i uporządkowanie całej wiedzy, która jest tu na forum byłoby pomocne dla najbardziej zaawansowanych hodowców - zawsze czegoś mogliby się dowiedzieć.

To tylko taki pomysł i jak by się spodobał to mogę się tego podjąć.

Pozdrawiam

Krzys

P.S. Lubię robić tego typu rzeczy całkowicie bezinteresownie.

Nie rozumiem jednego. Dlaczego nie wezmą i zsekwencjonują 3-4 genów jądrowych tylko wróżą z fusów (czyt. AFLP). Analiza sekwencji kilku genów dałaby jednoznaczną odpowiedź 'kto z kim kiedy'. Ale widać chcą mieć jeszcze jakieś projekty w tym temacie....

Pozdrawiam
Kuba
PS. Czy znacie badania na Tropheus japońskich (chyba) autorów?

Tych prac jak d tej pory powstało wiele tego typu i cały czas nie ma jednoznacznej odpowiedzi. Nie wiem na czym polega problem, moze Ty masz racje, tzreba o czymś pisać i na coś dostawać pieniadze -:)) albo problem jest na tyle skąplikowany


Czy znacie badania na Tropheus japońskich (chyba) autorów?

A Ty znasz? w badach nie mam takich prac.

Marta

Marto, nawet kilkakrotną introgresję można obecnie wykryć, to nie jest już problem techniczny. Potrzeba tylko woli, odpowiedniego ustawienia eksperymentu i oczywiście funduszy.
Nie znam, mam tylko namiary. Doszedłem po sekwencjach w GeneBanku.
Pozdrawiam,
Kuba

To moze warto poszukać. Autorzy tych publikacji maja renomę, więc nie wiem w czym problem? Chyba jednak nie do końca jest to takie proste? Fundusze chyba mają.

Marta

Właśnie to tego zmierzam, przy dobrym finansowaniu można sobie na wiele pozwolić. Nie wiem, czy można mówić o renomie w przypadku braku konkurencji, bo z tego co widzę, Ci sami autorzy firmują wszystkie opracowania o Tropheusie. Introgresję naprawdę można stosunkowo prosto (no może trudniej niż AFLP) sprawdzić i opuścić pole 'gdybania' i przypuszczeń.
Każdy gen ma swój, typowy dla niego (determinowany jego funkcją i położeniem) model ewolucyjny. Autorzy wykazują niezgodność genu mitochondrialnego z AFLP (sorry za skrót myślowy), co chyba nie powinno być dużym zaskoczeniem. Wiadomo, że genom jądrowy i plastydowy rządzą się swoimi prawami. Istotnym dowodem na istnienie introgresji byłoby stwierdzenie 'niezgodności' dla 3-4 genów jądrowych. Czy naprawdę tak trudno to zrobić?
Pozdrawiam,
Kuba

Kuba

Nie wiem w czym tkwi ich tok myślenia. A może napiszesz do nich i podyskutujesz. Ja sie na tym nie znam, znam sie na rybach, a nie na niuansach genetycznych - przynajmniej na poziomie takiej dyskusji z fachowcami. To naprawde moze byc pomysl. Co Ty na to?

Marta

Ja oczywiscie mówie serio, bo ten problem bardzo mnie intryguje>>>>

Marta

Mam kilka hipotez odnośnie toku rozumowania Autorów:
1. Wiedzą, że można, ale stosują metodę dzielenia włosa na czworo. Wolą do tego dochodzić małymi kroczkami (czytaj 'publikować dużo nie pokazując wszystkiego'). Wg mnie tak jest. Sam tak robię ;)
2. Nie są genetykami tylko taksonomami wykorzystującymi metody molekularne.
3. Nie stosują/nie potrafią/nie mają funduszy na klonowanie gdyż:
a) W artykułach o zmienność stosują mikrosatelity pochodzące z gatunków z Malawi. Sorry, ale żeby moim celem badawczym były Tropheusy od tego bym zaczął.
b) nie stosują genów występujących w kilku kopiach/allelach które to właśnie są najlepszym narzędziem w low level phylogenetic i badaniach introgresji i hybrydyzacji. Szczerze to nie znam się na rybach, ale na pewno są odpowiedniki naszego ITS, Leafy itd. Zawsze można zrobić jakiś developing poprzez scanning genomu.

Tak jak już pisałem, obstawiam hipotezę numer 1.
Pozdrawiam,
Kuba

http://www.kfunigraz.ac.at/zoowww/personal/kobl/ko bl.htm

Marta

Czyli należałoby potwierdzić hipotezę numer 1 ;)

http://www.kfunigraz.ac.at/zoowww/personal/kobl/Le pidiolamprologus.pdf

Tak należałoby potraktować Tropheusy...Oczywiście mam na myśli analizowane geny :)
Pozdrawiam,
Kuba

Tak znam tę pracę i nie rozumiem, że w jednym nie ma problemu, a w drugim przypadku jest problem metodyczny. Czy nie chciałbyś ich dopytac o to?

Marta

Sprawa trofeusów gryzie mnie od dawna, niestety nie jestem biologiem molekularnym i nie wszystko jest dla mnie jasne.

Marta

Marto, gdzie oni piszą że jest problem metodyczny?
Może jednak nie mają na to (tzn Tropheusy) dużego grantu i stosują metody mniej kosztowne, niestety także pozostawiające duże pole dla spekulacji.
Z dorobku tego autora wnioskuję, że wiedzą jak powinno się to zrobić, może nawet już zrobili, ale uwierz mi 'obróbka' sekwencji kilku genów kilkudziesięciu nazwijmy taksonów jest bardzo czaso i pracochłonna. Nie można tego zrobić w kilka dni. Owszem, są osoby które stosują programy do obróbki, które sprawdzają się w przypadku krótkich i mało zmiennych sekwencji. W znakomitej większości trzeba to jednak robić 'na piechotę'. Dochodzi do tego kilkumiesięczny proces redakcyjny, tak więc może wkrótce poznasz odpowiedzi na nurtujące Ciebie pytania.
Wiesz, głupio mi do nich pisać i pytać czemu nie zrobili tak Tropheusów jak Lepidiolamprologus....

Miejmy nadzieję, że masz rację, że czas juz niedługo pokaże pełny efekt ich badań. Oby....

Marta